HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析
转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的，因为很难找到一个方法（阈值）来判断真正的比对和随机的比对 ...
原文：根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME
主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb SCENIC使用的 TRANSFAC . Public and TRANSCompel . Public 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif ENCSR ARI 是Ezh 的，并没有被收录在常规的TF数据库里，所以Homer里面没有。 dbcorrdb这个数据库里有，但是很老的JASPAR格式，可以转成meme格式 ...
2019-12-08 18:27 0 399 推荐指数：
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