SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件 ...
原文：Pysam 处理bam文件
Pysam可用来处理bam文件 安装： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函数有很多，主要的读取函数有： AlignmentFile：读取BAM CRAM SAM文件 VariantFile：读取变异数据 VCF或者BCF TabixFile：读取由tabix索引的文件 FastaFile：读取fasta序列文件 FastqFile：读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一 ...
2019-12-05 17:03 0 469 推荐指数：
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