1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组 ...
补充RNA seq流程 以前都是自己搭RNA seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE DCC rna seq pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip seq pipeline scrip ...
2019-12-10 09:57 0 1272 推荐指数:
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文章目录 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 下载数据 sra转fastq格式 数据质控 数据质控,过滤低质量reads,去接头 比对 ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices ...
表观遗传 表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序: 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...
: 1. RNA-seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子。 2. 基于大量的ChIP-seq公共数 ...
颇多,需要一点耐心。 各种类型的数据可以直接在这个genome browser里浏览:http:// ...
1.下载MACS软件安装包(作者的系统为Ubuntu) 网址链接:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/ 2.解压文件: tar -zxvf MACS**.ta ...
高通量测序技术,就是二代测序,已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学,表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究,从而避免了许多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识 ...