原文:使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association Study)进行gene based的关联分析研究

gene based关联分析研究是SNP based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS 等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS 做gene based的关联分析研究。 先说VEGAS 的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件。 缺点,我后面再提。 VEGAS 提供了两种方式跑gene based的关联分析。 一种是在线的,一种 ...

2019-11-12 17:44 0 275 推荐指数:

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基于GCTA的gene-based关联分析研究

今天博主博士答辩完毕啦,超开心的,撒花~ 虽然很疲惫(昨晚太晚睡了==),但想到今天跟师妹说给她gene-based关联分析的方法。 于是,决定还是整理好了再休息休息。 好,进入主题。 之前的推文我曾经写过使用VEGAS2Versatile Gene-based Association ...

Tue Nov 24 03:31:00 CST 2020 2 510
基于 MAGMA 的 gene-based 关联分析研究

之前已经写过两篇gene-based 关联分析研究,感兴趣翻往期推文: 基于GCTA的gene-based关联分析研究 使用VEGAS2Versatile Gene-based Association Study进行gene based研究 今日再介绍第三款软件:MAGMA 跟前 ...

Thu Apr 08 02:09:00 CST 2021 0 330
如何研究某个gene的ceRNA 网络

研究人员针对 PTEN 这个关键的抑癌基因,来探究调控该基因表达的ceRNA 网络; 分析策略: 1)预测能调控该基因的miRNAs 通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式,挑选出 miR-17-5p, miR-19a,miR-19b, miR-20a, miR-20b ...

Tue May 02 22:12:00 CST 2017 0 1870
gene ID,gene symbole,EnsembleID

gene symbol: TP53 gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前国际上最权威的Gene ID编号! GENECODE:GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。 HGNC(人类基因命名委员会)只对人类基因进行命名 ...

Tue Oct 15 16:50:00 CST 2019 0 1688
Gene Ontology (GO) 简介

为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...

Tue Mar 20 04:54:00 CST 2012 0 6610
MAGMA——做gene analysis的GWAS数据分析软件

目录: overview download quick start 【Overview】 MAGMA是一个用于GWAS数据分析的软件,首次发表于文章: de Leeuw C, Mooij J, Heskes T, Posthuma D (2015 ...

Sun Oct 25 05:54:00 CST 2020 0 977
 
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