今天博主博士答辩完毕啦,超开心的,撒花~ 虽然很疲惫(昨晚太晚睡了==),但想到今天跟师妹说给她gene-based关联分析的方法。 于是,决定还是整理好了再休息休息。 好,进入主题。 之前的推文我曾经写过使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association ...
gene based关联分析研究是SNP based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS 等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS 做gene based的关联分析研究。 先说VEGAS 的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件。 缺点,我后面再提。 VEGAS 提供了两种方式跑gene based的关联分析。 一种是在线的,一种 ...
2019-11-12 17:44 0 275 推荐指数:
今天博主博士答辩完毕啦,超开心的,撒花~ 虽然很疲惫(昨晚太晚睡了==),但想到今天跟师妹说给她gene-based关联分析的方法。 于是,决定还是整理好了再休息休息。 好,进入主题。 之前的推文我曾经写过使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association ...
之前已经写过两篇gene-based 关联分析研究,感兴趣翻往期推文: 基于GCTA的gene-based关联分析研究 使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association Study)进行gene based的研究 今日再介绍第三款软件:MAGMA 跟前 ...
研究人员针对 PTEN 这个关键的抑癌基因,来探究调控该基因表达的ceRNA 网络; 分析策略: 1)预测能调控该基因的miRNAs 通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式,挑选出 miR-17-5p, miR-19a,miR-19b, miR-20a, miR-20b ...
全基因组关联分析流程: 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列,内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
gene symbol: TP53 gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前国际上最权威的Gene ID编号! GENECODE:GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。 HGNC(人类基因命名委员会)只对人类基因进行命名 ...
为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...
是预测编码方案和变换编码方案。对于深度工具,有几种使用深度学习来执行帧内预测、帧间预测、跨通道预测、概率分 ...
目录: overview download quick start 【Overview】 MAGMA是一个用于GWAS数据分析的软件,首次发表于文章: de Leeuw C, Mooij J, Heskes T, Posthuma D (2015 ...