群体遗传之ped格式
1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的，大规模的 ...
原文：群体遗传参数
Theta theta 群体遗传学中，在中性 Wright Fisher 模型 neutral Wright Fisher model 下，尺度参数为 theta N mu 为每世代平均突变数的两倍。其中， N 为有效群体大小 effective population size ， mu 为每世代个体突变率 Klein et al. 。 Watterson s estimator Watters ...
2019-11-09 20:04 0 330 推荐指数：
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--out test_out 群体遗传学中，经常提到群体间随机交配，随机交配是Hardy-We ...
重测序（RADseq）做群体遗传分析套路
实验材料 构建的群体，或自然群体，如各地方品种。 RAD文库构建 提取DNA后，构建文库，简要步骤如下： ① 限制性内切酶TaqＩ酶切； ② 连接P1接头； ③ DNA随机打断片断化； ④ 目的片段回收与末端修复； ⑤ 连接P2接头； ⑥ RAD片段富集； ⑦ 上机测序。 参考：Rapid ...
【群体遗传】PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy)
转载于：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=460481&do=blog&id=1191502 絮语： 重建单倍型网络是群体遗传学的一个重要分析内容，最常用的分析工具有Network、TCS ...
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链接：https://www.jianshu.com/p/c489da8e75ff 群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠世代。该模型 ...
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tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 2 简单使用 第一步：将VCF变为plink格式 ...