宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...
MEGAN Metagenome Analyzer 是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond MEGAN 已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对Linux平台的使用。 MEGAN的GUI版相对 ...
2019-10-28 10:05 0 382 推荐指数:
宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...
文章链接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 时间:2016.10.15 摘要: 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域 ...
描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具。从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种。 MetaPhlAn 2依靠 ...
https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组 ...
扩增子常见问题 01 实验室检测的DNA浓度很高,送到公司检测之后浓度却比较低呢? 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测 ...
homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...