原文:使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

相较于其他三代四代数据组装软件 Canu 也可用于纠错 ,smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON unzip等 wtdbg有如下优点: 安装运行简单 可用run wtdbg assembly.sh脚本生成运行脚本 ,运行速度快, 运行内容:一步组装,两轮纠错 edge min 值对基因大小影响特别大,在基因组复杂度低和测序深度大的情况下可提高该值, ...

2019-10-18 09:56 0 937 推荐指数:

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组装之后的三代基因组进行polish

一:利用pilon软件进行代数据三代数据polish 准备数据三代数据组装好的基因组文件:draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据:read1_fq.gz read2_fq.gz 比对(bwa) 构建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
三代测序及基于三代数据基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比,细胞器基因组相对来说,更为保守,并且序列较短,更加易于组装,仅仅根据二测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法,仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后,首先通过fastq对其进行过滤,改软件操作较为简单,仅仅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

# 估算测序深度、reads数目、N50等值(自写perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下: # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
三代基因组consensus:Minimap+miniasm组装,racon+pilon纠错

用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装,然后用racon+pilon进行纠错。 三代测序拼装软件,三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是,读长长,错误率高,在用于分析之前需要对数据进行特殊处理(consensus,纠错),再进行拼装任务 ...

Wed Oct 30 17:36:00 CST 2019 0 895
三代基因组测序技术原理简介

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章, 最终,我自己开通了公众号:碱基矿工,欢迎感兴趣的同学关注! 也可以关注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:这篇文章写于2013年,首发 ...

Sat Aug 03 06:15:00 CST 2013 10 54687
 
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