Seurat | 单细胞分析工具
Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了（satija的力作），我之前测试过，但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across ...
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单细胞分析实录(5): Seurat标准流程
前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...
单细胞测序学习（一）
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单细胞测序学习（二）
三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台，所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 （1）10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要 ...
单细胞测序的知识
单细胞测序的知识 刘小泽 已关注 2018.07.20 21:33* 字数 1885 阅读 675评论 0喜欢 7 刘小泽写于18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...
【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有
1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的ls grep一样的。然鹅，有几个小伙伴不会命令行，所以我决定再改写一下，把命令行都放到R下面运行。 2. 尝试 2.1 一开始 ...
单细胞中的细胞类型划分
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《单细胞生物》教学反思
第12周学校开展“师徒共上一节课”活动，我们选的课题是《单细胞生物》，本节内容是在学习了植物细胞的结构、动物细胞结构及细胞生活的基础上，让学生知道生物体有多细胞的动物体和植物体以外，告诉学生生物体也有单细胞的，它们没有复杂的结构，是否与多细胞生物体一样，能够独立完成各项生命活动呢？因此，第四节 ...