原文:经典:基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接 组装 图片来源:google 每一个物种的参考基因组序列 reference genome 的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段 reads ,然后再进行从头拼接或组装 英文名称为do novogenome assembly ,最后还原测序物种的各条染色体的序列,即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进行基因组拼接,是因为现在的测序技术还只能测较短的序列,无法 ...

2019-09-27 10:30 0 515 推荐指数:

查看详情

PacBio全基因组测序组装

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装组装后,每个碱基正确率为98-99.8%, 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体 ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
三代基因组测序技术原理简介

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章, 最终,我自己开通了公众号:碱基矿工,欢迎感兴趣的同学关注! 也可以关注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:这篇文章写于2013年,首发 ...

Sat Aug 03 06:15:00 CST 2013 10 54687
基因组组装算法

序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
二代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比,细胞器基因组相对来说,更为保守,并且序列较短,更加易于组装,仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法,仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后,首先通过fastq对其进行过滤,改软件操作较为简单,仅仅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM