对组装之后的三代基因组进行polish
一：利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 准备数据 ： 三代数据组装好的基因组文件：draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据：read1_fq.gz read2_fq.gz 比对（bwa） 构建索引 ...
原文：「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括 单碱基差异 小的插入缺失 indels 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA文件 利用第二代数据和第三代数据进行混装 Hybrid assembly ，这种方法充分发挥了第二代数据质量高和第三代数据片段长的优势，组装出来 ...
2019-09-23 11:43 0 556 推荐指数：
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