原文:R语言构建蛋白质网络并实现GN算法

R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 目录 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 .蛋白质网络的构建 .生物网络的模块发现方法 .模块发现方法实现和图形展示 基于点连接的模块发现:cluster fast greedy该方法通过直接优化模块度来发现模块。 GN算法:edge.betweenness.community 随机游走:walktrap.community Newman快速算法:leading ...

2019-09-22 22:35 0 1222 推荐指数:

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蛋白质结构模建初探

目录 相关链接 蛋白质模建的几种方法 同源模建 折叠识别 从头预测 综合方法 实地操作&预测结果 路线 预测结果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
氨基酸,多肽,蛋白质

一、氨基,羧基和氨基酸 氨基:-NH2 氨基是基本碱基,大多数含有氨基的有机物都有一定碱的特性。氨基是一个活性大、易被氧化的基团。 羧基:-COOH。分子中具有羧(念suo)基的化合物称为羧酸 ...

Mon Jul 26 07:36:00 CST 2021 0 318
R方差分析】蛋白质表达量多组比较

初始数据类似: 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布,但目前最常用的检验方法还是T检验(两组比较)和方差分析(多组比较)。这个话题值得深究,这里不展开。 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR,用于差异筛选。 ...

Wed Jun 17 01:09:00 CST 2020 0 718
【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
Diamond软件比对蛋白质数据库

参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...

Thu Feb 01 01:56:00 CST 2018 0 1231
蛋白质组学实验设计、质控与分析

1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组:iTRAQ/TMT ...

Thu Jan 16 05:19:00 CST 2020 0 2942
 
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