原文:单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结

可变剪接 alternative splicing ,在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体 isoform 。这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞 个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA ...

2019-09-10 12:37 0 669 推荐指数:

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单细胞转录测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年单细胞转录测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里,单细胞转录测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

无论是传统的多细胞转录测序(bulk RNA-seq)还是单细胞转录测序(scRNA-seq),差异表达分析(differential expression analysis)是比较两不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一样本相对于另一样本表达显著上调(up-regulated)和下调 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
单细胞转录测序技术原理

From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因测序转录测序两个方面,分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因测序目前主要有两种扩增方法 ...

Wed Jun 30 17:19:00 CST 2021 0 525
单细胞测序数据的降维方法细胞亚型的鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
单细胞测序数据的降维方法细胞亚型鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
单细胞转录CNV分析

什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...

Fri May 07 22:49:00 CST 2021 0 210
转录(三):了解fastq测序数据

通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类 ...

Sun Aug 09 21:00:00 CST 2020 0 996
 
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