本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码R ...
无论是传统的多细胞转录组测序 bulk RNA seq 还是单细胞转录组测序 scRNA seq ,差异表达分析 differential expression analysis 是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调 up regulated 和下调的基因 down regulated ,从而可进一步研究这些差异表达基因的功能,包括富集的通路 pat ...
2019-09-07 14:42 0 2592 推荐指数:
本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码R ...
图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量 ...
图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell ...
细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...
自从2009年单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里,单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展 ...
本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...
前面已经讲解了: 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞 ...
一、单细胞测序简介 单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq ...