原文:单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

无论是传统的多细胞转录组测序 bulk RNA seq 还是单细胞转录组测序 scRNA seq ,差异表达分析 differential expression analysis 是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调 up regulated 和下调的基因 down regulated ,从而可进一步研究这些差异表达基因的功能,包括富集的通路 pat ...

2019-09-07 14:42 0 2592 推荐指数:

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单细胞测序数据的降维方法细胞亚型的鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
单细胞测序数据的降维方法细胞亚型鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里,单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总

本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...

Thu Jul 13 02:13:00 CST 2017 0 6366
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

前面已经讲解了: 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
单细胞测序学习(一)

一、单细胞测序简介   单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。   我们经常看到的scRNA-seq ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
 
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