原文:python scipy包进行GO富集分析p值计算

最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG Homo sapiens human . E set in set background ...

2019-08-22 11:25 0 909 推荐指数:

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使用clusterProfiler进行GO富集分析

使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R,同时支持GO和KEGG的富集分析 ...

Sun Mar 22 22:53:00 CST 2020 0 1094
DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...

Sat Oct 12 03:27:00 CST 2019 1 10035
GO富集分析

  GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。   富集分析工具   用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...

Sun Dec 16 00:52:00 CST 2018 1 8734
GO富集分析 信号通路

  基因富集分析分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。   信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子 ...

Mon Jul 29 22:43:00 CST 2019 0 1069
GO KEGG富集分析绘图

柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...

Mon Jun 15 09:01:00 CST 2020 0 1178
[GSEAPY] 在Python进行基因集富集分析

前言 在生物信息学数据分析中,许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python进行基因富集分析Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
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