SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件 ...
原文：处理bam文件提取信息
一般来说,一个bam文件通常只包含一个样本的信息,最多需要进行染色体位置的处理, samtools也提供了简单的处理方式,比如要提取 chr 的reads, 只需要: samtools view input.bam ch 这几天遇到了 x genomics的bam结果,发现单细胞的reads全包含在一个bam文件里,用barcode进行区分,因此可能就需要提取其中的信息,比如提起某一个细胞的rea ...
2019-08-19 20:05 0 706 推荐指数：
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