这篇文章是对之前啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘 全基因组关联分析 这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外，还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。 下载 安装ldsc git clone https: github.com bulik ldsc.git cd ldsc 安装ldsc依赖的环境 conda env create file envi ...
2019-08-08 15:21 0 1272 推荐指数：
如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析”中介绍的GCTA，是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具，除了计算不同性状/表型间（traits）的遗传相关性外，还可以计算亲缘关系、近交系数……，下面简单介绍如何利用GCTA计算 ...
polygenicity多基因性（很多小的遗传效应）和混杂偏倚如隐秘的关联和群体分层都会导致GWAS 检验统计量test statistics的膨胀分布（inflated distribution）。我们开发了一种方法，即LD score regression，该方法通过检查 检验统计量（test ...
1. 集群相关 一个运行中的 Elasticsearch 实例称为一个节点，而集群是由一个或者多个拥有相同 cluster.name 配置的节点组成， 它们共同承担数据和负载的压力。当有节点加入集群中或者从集群中移除节点时，集群将会重新平均分布所有的数据。 当一个节点被选举成为主节点时 ...
遗传相关的计算之前介绍过几次了，感兴趣的翻之前的推文： 1、利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation） 2、LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性 之前的两篇推文均有一个小局限，就是针对多个表型间的遗传 ...
归纳总结：伴X遗传，雄性中Xb的基因频率等于基因型频率，在雌性中，Xb基因频率也等于雄性中Xb基因的频率。因为雌性有两条X染色体，其遗传符合遗传平衡定律，即：(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1，P代表代表XB ‚Q代表Xb，P²代表XBXB，2PQ代表XBXb，Q代表XbXb。 ...
目录 背景介绍 程序表示 初始化 (Initialization) Depth定义 Grow方法 Full方法 Ramped half-and-half方法 适应度(Fitness)与选择(Selection ...
->pandas 计算相关性系数dd["corr"] = dd["银行"].rolling(12).corr(dd["证券"]) 回溯日期为12，计算“银行”列与“证券”列数据的相关性系数。 与之对应的excel的计算方法： B列和C列的相关性系数，同时回溯值是6（即分别有6个值 ...
相关系数度量指的是两个不同事件彼此之间的相互影响程度；而自相关系数度量的是同一事件在两个不同时期之间的相关程度，形象的讲就是度量自己过去的行为对自己现在的影响。 自相关，也称 序列相关。是一个信号于其自身在不同时间点的互相关。非正式地来说，它就是两次观察之间的相似度对它们之间的时间差的函数。它是 ...
