DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...
转自欧意生物。https: www.sohu.com a LncRNA自从发现至今,相关研究如火如荼。欧易生物也给很多科研工作者提供lncRNA测序和芯片检测的服务工作。但检测后,很多老师反馈,lncRNA序列等相关信息查询非常困难,忆秋就此整理一套lncRNA常用 好用的数据库,供各位看官参考。 .LNCipedia 该数据库针对人进行lncRNA数据的收集 整理,共收入 , 条人类有注释的ln ...
2019-07-31 22:32 0 535 推荐指数:
DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...
1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库,这个包可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...
1、安装"biomaRt"包 2、"ensembl_transcript_id_version" 转 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...
liftover的介绍 人类基因组有不同的版本,目前用的最多的是hg38和hg19,为了将不同版本的染色体上的位置一一对应,UCSC出了这款工具liftOver,官方的定义是: This tool converts genome coordinates and genome ...
如果组件名称中带有大写字母,那么会报错 ...
偶然发现一个按名称排序的文件夹内,文件顺序是混乱的,例如: 在一个文件夹内建立如下三个文件: 0F.txt 1A.txt 02.txt 按名称/升序排列, 将得到上述结果,0F在最前,02在最后。 百思不得其解,同样是0开头,为什么02会被排在1A之后? Win7,Win8 ...
看文献的时候,发现了g:Profiler这个宝藏工具,测试了一下,使用起来超级方便、好用,一定要分享给大家~ g:Profiler网址: https://biit.cs.ut.ee/gprofil ...
homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...