Needleman-Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法,课下闲来无事,用Python实现一下。 ...
Needleman-Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法,课下闲来无事,用Python实现一下。 ...
很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求,需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序,同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了,看了一下他的代码也才 ...
本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不需要连续出现,但一定是出现的顺序一致),最长公共子序列长度为4。 和LD算法 ...
生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...
一、Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman ...
以下代码为第一步求最大前后缀所含字符个数的代码: 首先我们明确:next[i]存放的是前i个字符组成的字符串的最大相同前后缀长度 while(j>0 && str.charAt(j) != str.charAt(i))的意思是: 此时j的值 ...
ecc算法的代码实现 什么是ecc算法 Elliptic curve cryptography,椭圆曲线密码学,即ECC。是一种建立公开密钥加密的算法,基于椭圆曲线数学。椭圆曲线在密码学中的使用是在1985年由Neal Koblitz和Victor Miller分别独立提出的。详情链接 ...
Adaboost算法及其代码实现 算法概述 AdaBoost(adaptive boosting),即自适应提升算法。 Boosting 是一类算法的总称,这类算法的特点是通过训练若干弱分类器,然后将弱分类器组合成强分类器进行分类。 为什么要这样做呢?因为弱分类器训练起来很容易,将弱 ...