GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号 称为配体,ligand 包括激素 生长因子 细胞因子 神经递质以及其它小分子化合物等。 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology,Gene Ontology, KEGG, 到 ...
2019-07-29 14:43 0 1069 推荐指数:
GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个 ...
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使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析 ...
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
参考博客 http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1166293.html 四个参数用于控制坐标轴与作图区域的位置 scale_x_discrete( ...