比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single cell RNA seq data using regularized negative binomial regression ChristophH sctransform Variance Stabilizing Transformation It is obvious ...
2019-07-26 11:31 0 389 推荐指数:
比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from ...
无论是传统的多细胞转录组测序(bulk RNA-seq)还是单细胞转录组测序(scRNA-seq),差异表达分析(differential expression analysis)是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调(up-regulated)和下调 ...
图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量 ...
图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell ...
细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...
单细胞技术在飞速发展,随着数据的积累,对应的数据库也相应出现。 CellMarker - 总结了目前的celltype对应的marker,同时给出了数据的文献链接。 Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相当于把整个小鼠都测了,得到了一大堆的10x数据,郭国冀 ...
操作代码:https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXA ...
本次分享一篇今年2月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...