原文:单细胞数据normalization方法 | SCTransform

SCTransform Normalization and variance stabilization of single cell RNA seq data using regularized negative binomial regression ChristophH sctransform Variance Stabilizing Transformation It is obvious ...

2019-07-26 11:31 0 389 推荐指数:

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单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

无论是传统的多细胞转录组测序(bulk RNA-seq)还是单细胞转录组测序(scRNA-seq),差异表达分析(differential expression analysis)是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调(up-regulated)和下调 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
单细胞测序数据的降维方法细胞亚型的鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
单细胞测序数据的降维方法细胞亚型鉴定聚类方法总结

图1、细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
单细胞数据库汇总

单细胞技术在飞速发展,随着数据的积累,对应的数据库也相应出现。 CellMarker - 总结了目前的celltype对应的marker,同时给出了数据的文献链接。 Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相当于把整个小鼠都测了,得到了一大堆的10x数据,郭国冀 ...

Sun May 19 03:24:00 CST 2019 0 2491
 
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