单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02 来源: 一呼百诺 点击次数:6587关键词: 前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向。在这 ...
操作代码:https: satijalab.org seurat 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Functional Nonparametric Regression Comprehensive Integrati ...
2019-07-25 22:13 0 1073 推荐指数:
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业界良心啊,开源的单细胞课程。 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手。 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...
细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化 ...
上一篇已经讲解了Seurat标准流程,推文的最后,注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的,就像下图这样,有些是可以聚到一起的亚群,却出现了不同样本分开/偏移的情况,比如第3群,这种就是批次效应: 接下来我会介绍Seurat v3的标准整合流程、Seurat结合Harmony 的整合 ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH ...
这是一个新系列 差不多是一年以前,我定导后没多久,接手了读研后的第一个课题。合作方是医院,和我对接的是一名博一的医学生,最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路,即各大类细胞分群、注释、描述,所以起初的几个月都在摸索一条主线,再后来有主线了,要加实验验证,周期有点长。我这边的分析基本做完 ...
【怪毛匠子-整理】 awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq ...
无论是传统的多细胞转录组测序(bulk RNA-seq)还是单细胞转录组测序(scRNA-seq),差异表达分析(differential expression analysis)是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调(up-regulated)和下调 ...