这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不 ...
基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO KEGG GSEA等等这些词,网上也有很多教程,教大家怎么做GO分析 怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然,还要知其所以然。这里,我找到两篇富集分析的综述,跟大家一起学习一下。 照例,先给出这两篇文章 Ten Years of Pathway Analysis: Current Appro ...
2019-07-04 10:54 0 1933 推荐指数:
这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不 ...
这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值 ...
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...
一般做完差异分析都会做这一步,目的是找到差异基因富集到的通路,进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单,这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复20211007获取本文的测试数据和代码,以及(单细胞)转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析代码(这部分本文不演示 ...
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子 ...