参考资料来源: http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA图的理解 ...
参考博客:https: blog.csdn.net weixin article details 需要创建一个cls文件 cls文件格式 第一行的三个数字分别表示 个样本, 个分组,总是设置为 第二行为组的名称 第三行为组的重复个数,也就是每个组有几个重复就写几次 另外需要一个mmu.kegg optimal.symbol.gmt 这个文件可以在GSEA官网下载也可以自己制作一个相应的格式,如果自 ...
2019-06-18 17:40 0 651 推荐指数:
参考资料来源: http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA图的理解 ...
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...
大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation analysis)与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片核转录组 ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
1.为什么写? 网上教程一抓一大把,有的能重复,有的不能重复不了,很多原因。别人能做的不代表你能复制,实践出真知。 不做搬运工,只写有用的,防止以后忘记。每个人理解不同,记录下来,供自己今后参考,顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分 ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
R批量做GSEA分析还没有官方的包,但是clusterprofiler可以做,它调用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大 ...