原文:GSEA的使用

参考博客:https: blog.csdn.net weixin article details 需要创建一个cls文件 cls文件格式 第一行的三个数字分别表示 个样本, 个分组,总是设置为 第二行为组的名称 第三行为组的重复个数,也就是每个组有几个重复就写几次 另外需要一个mmu.kegg optimal.symbol.gmt 这个文件可以在GSEA官网下载也可以自己制作一个相应的格式,如果自 ...

2019-06-18 17:40 0 651 推荐指数:

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GSEA--本地工具包--使用说明

参考资料来源: http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA图的理解 ...

Wed Nov 06 00:37:00 CST 2019 0 1158
GSEA富集分析 - 界面操作》

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
基因或蛋白富集分析,gsea与ssgsea

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation analysis)与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片核转录组 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
GSEA-基因集富集分析

1.为什么写? 网上教程一抓一大把,有的能重复,有的不能重复不了,很多原因。别人能做的不代表你能复制,实践出真知。 不做搬运工,只写有用的,防止以后忘记。每个人理解不同,记录下来,供自己今后参考,顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分 ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
 
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