ggplot2绘制KEGG富集散点图
散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich factor 指差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因 ...
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GO KEGG富集分析绘图
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图（气泡图） ...
RNA-Seq分析——KEGG富集分析
入学到现在已经有小半年了，最近正好在做RNA-Seq的分析，记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析： # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...
kegg富集分析之：KEGGREST包（9大功能）
这个包依赖极有可能是这个：https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ，如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变，因此KEGG.db包不在能用，推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG ...
网页工具KOBAS进行KEGG富集分析
KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具，用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍： KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...
DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析？ 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG？ 为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发 ...
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息 ...
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个 ...