增长速度飞速。然而，在这个领域相近物种的分类仍然是一个挑战。这里，我们用两个宏基因组数据集，人类宏基因组 ...

1. 打开NCBI 2. 输入物种名，以HPV为例： 搜索，到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 3. 进去下面的界面，再点击RefSeq进入下载界面 4. 进入下载界面： HPV参考基因组下载界面：https ...

基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...

参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome ...

在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标 ...

植物vs动物总结版： 简述高等植物基因组（可以以拟南芥和水稻基因组为例）与高等动物基因组（可以以人类、果蝇等基因组为例）在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境，即复制-转录负载困境。 机制： 1.从平衡流 ...

1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子：纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么？ .fsa 格式的基因组数据； fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀，里面是 fasta格式 ...

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。组装后， ...