原文:SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http: snpeff.sourceforge.net SnpEff manu ...

2019-06-02 22:02 0 1247 推荐指数:

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基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
snpEffsnp进行功能注释

主页使用说明http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html。 下载解压即可使用(java)。 一、建库 (1)已有2500个基因组的库,直接下载。 查看已有库:$ java -jar snpEff.jar databases 下载库 ...

Mon Mar 19 23:43:00 CST 2018 0 1656
转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
基因组序列注释基因结构预测)

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释注释前首先得构建基因模型,有三种策略: 同源预测(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录预测 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
【转录入门】4:参考基因组注释文件

作业要求: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
参考基因组注释文件下载

从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
 
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