原文:富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID DAVID地址 以前我会首选DAVID,原因是方便简单。有人说它数据库更新慢,不准确 据说被science点名批评了 ,也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去。 ...

2019-05-28 11:20 0 7380 推荐指数:

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DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...

Sat Oct 12 03:27:00 CST 2019 1 10035
功能富集分析概述

基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词,网上也有很多教程,教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然,还要知其所以然。这里,我找到两篇富集分析的综述,跟大家一起学习一下 ...

Thu Jul 04 18:54:00 CST 2019 0 1933
GO富集分析

  GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。   富集分析工具   用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...

Sun Dec 16 00:52:00 CST 2018 1 8734
富集分析的原理与实现

一般做完差异分析都会做这一步,目的是找到差异基因富集到的通路,进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单,这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复20211007获取本文的测试数据和代码,以及(单细胞)转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析代码(这部分本文不演示 ...

Fri Oct 29 10:20:00 CST 2021 1 491
GO富集分析 信号通路

  基因富集分析分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。   信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子 ...

Mon Jul 29 22:43:00 CST 2019 0 1069
excel之富集分析图制作

excel之富集分析图制作 最终效果: 原始数据: 步骤: 1.数据处理 1.1 将PV数据分组,用来创建不同颜色的柱状图图例 数据处理结果:(每类数据一列。将该列其他数据删除后将不显示在图标上。) 1.2创建辅助列,用于充当折线图的x轴,将折线图改为纵向 ...

Wed Dec 01 03:43:00 CST 2021 0 836
Pathway富集分析气泡图

data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...

Tue Sep 19 00:07:00 CST 2017 0 5458
《GSEA富集分析 - 界面操作》

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
 
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