在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 ...
bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为 个字段组成 BAM格式分为header section 头部分,注释信息,以 开头,可有可无 和alignment section 比对结果 两个部分。 alignment section由 个字段组成 序列的名字,也就是reads的名称 是一个标记的数字 ...
2019-05-24 13:55 0 2387 推荐指数:
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 ...
sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释 ...
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件 ...
当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件 ...
1、Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam ...
Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF ...
XML全称是Extensible Markup Language,中文译为可扩展的标记语言,它是SGML(标准通用标记语言)的一个子集。 说起XML,大家都会想起HTML,首先,HTM ...
CUE 文件,即 CUESheets ,光盘镜像辅助文件。通常用于光盘刻录、音乐播放等等。 比如用 EAC 刻录CD光盘,或者用 Foobar2000 播放整轨音乐文件。 CUE 文件是非常好的音乐专辑信息载体,使用它可以使专辑信息和音乐文件分离,从而达到播放整轨 WAV、FLAC、APE ...