SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
单细胞技术在飞速发展,随着数据的积累,对应的数据库也相应出现。 CellMarker 总结了目前的celltype对应的marker,同时给出了数据的文献链接。 Mouse Cell Atlas 年Nature文章,相当于把整个小鼠都测了,得到了一大堆的 x数据,郭国冀。 PanglaoDB 人鼠单细胞数据库,比较全面。Database, signatureDB B cell数据库 CancerS ...
2019-05-18 19:24 0 2491 推荐指数:
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized ...
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录 ...
一、单细胞测序简介 单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq ...
三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台,所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 (1)10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要 ...
上一篇已经讲解了Seurat标准流程,推文的最后,注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的,就像下图这样,有些是可以聚到一起的亚群,却出现了不同样本分开/偏移的情况,比如第3群,这种就是批次效应: 接下来我会介绍Seurat v3的标准整合流程、Seurat结合Harmony 的整合 ...