plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）
计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算： /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因 ...
原文：Genome Aggregation Database (gnomAD) 简介 | 参考人群等位基因频率数据库
Genome Aggregation Database gnomAD 这是一个关于什么的数据库 broad institute开发的，整合了目前几乎所有的公共的WES和WGS测序数据，并对数据做了一些总结，可供其他开发者使用。 怎么使用gnomAD 查感兴趣的基因 查感兴趣的variant 参考人群等位基因频率数据库 基因变异耐受性 可以不做这方面的工作，但是该领域一些最基本的概念必须了解，这样才 ...
2019-05-17 22:18 0 1381 推荐指数：
相关推荐
关于 minor allele frequency（次等位基因频率）的理解
引用自NCBI的概念（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf） Global minor ...
关于Allele(等位基因)的理解
高中学生物的时候关于遗传学的部分，记得当时的教材上为了简化处理一般将基因型定义为AA, Aa, aa。其实这种抽象的理解对应付高考是很有用的，但是实际应用中如果还这样理解那么便会产生一些疑问。之所以会产生这样的抽象，原因是早期并不知道双螺旋DNA是遗传物质，就更不提什么中心法则和DNA测序 ...
双等位基因(biallelic sites )和多等位基因(multiallelic sites)
双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因，如下图第七个位点所示，有G/-两种形式： 多等位基因(multiallelic sites)：表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因，如下图第七个位点所示，在不同的样本中，有G、C、T、-几种形式： ...
如何识别自己基因组数据是哪个全基因组参考版本（Genome Reference Versions/ Genome Build）
首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤： 第一步，打开你的基因组数据bim文件（Plink格式），随便找一个 ...
MGI数据库挖掘 | MGI-Mouse Genome Informatics | InWeb database
做生物信息，遗传发育，分析数据的时候总是要narrow down分析范围，高通量数据尤其是基因表达，在庞大的confounder面前，缩小分析范围是必须的，否则你会一直在混沌中游荡。 看一篇文章：2018 - Identification of genes associated ...
两对等位基因控制一对相对性状的规律（基因互作）
两对等位基因控制一对相对性状的规律（基因互作） 参考文档：https://wenku.baidu.com/view/edf42b6682c4bb4cf7ec4afe04a1b0717fd5b3e1.html?from=search 基因互作是指几对等位基因之间通过相互作用影响同一性 ...
等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理
目录 1. 主要参考文献 1) 综述 2）研究和方法 水稻PNAS——张启发、刑锋 棉花NC——胡冠菁、包颖 玉米MP——周鹏、Nathan M. Springer 水生植物莲Plant ...