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plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行 ...

注意：本文的内容主要来自于GATK官网的讲解，所以vcf也是GATK产生的，用其他caller，比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致。 参考：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268 ...

VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看，最上面#号注释的的部分是对一些参数的解释（看英文能懂的话，下面的解释就不用看了），而下面没#号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 ...

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式，需要用到“-Oz”和“index”命令，具体如下： ...

在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。 本文介绍的是一个处理 ...

PS：尽量不要用什么豌豆荚啊、微信啊、QQ啊之类的通讯录备份，那就等于把自己的通讯录免费送给腾讯他们了。。。。还是自己手动的好一些，但是小白用户或者经常丢手机的卖就卖吧，总比联系人都丢了要好~~~ 默认的 什么诺基亚PC套件啊，什么windows通讯录啊，豌豆荚啊 之类的到处的VCF格式的文件 ...

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. ...