1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备： ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①：染色体长度文件 用基因组序列提取每条染色体的长度信息，结果是NC_开头的基因组编号，不是染色体号 记录 ...

3D-DNA是一款简单，方便的处理Hi-C软件，可将contig提升到染色体水平。其githup网址：https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。（利用Juicer分析Hi-C ...

资料来源： 细胞、染色体、DNA和基因的关系 细胞核中包含染色体，人体共有23对染色体（22+XY/XX），染色体由DNA组成，DNA是由互补碱基对组成的双螺旋结构，DNA链中只有一部分信息可以编码为蛋白质，这些蛋白质是构成细胞和组织最小的组成成分，这些有效编码的部分称为gene，而不能有效编码 ...

欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色体的全基因组关联分析，很少做性染色体的。 主要原因是性染色体的遗传模式比较复杂，存在X染色体失活，而且男女效应值不大一样。 其次，也不是所有的表型都是男女有差异的。 再然后，也没有很好的工具计算性染色体的关联分析 ...

1、准备测试数据 2、依据染色体拆分数据 [root@linuxprobe test]# wc -l *.map 1649 chr10.map 1077 chr11.map 1528 chr12.map 1527 chr13.map 1045 ...

摘要 基因组组装质量的评估手段之一就是用现有的参考基因组和组装的基因组进行共线性分析，级别有全基因组的共线性分析和染色体级别的共线性分析，全基因组级别的共线性可以用circlize进行可视化，现在进行染色体级别的共线性分析可视化。 准备工作 用NUCMER进行染色体级别的比对 ...

目录 需求 方法一 方法二 需求 客户反映，完整的基因组太大打不开，要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现？ 方法一 借助工具： 方法二 自己写脚本：split.pl 运行：perl split.pl ...

cat snpeff.vcf | java -jar SnpSift.jar filter " ( POS >= 122 ) & ( POS <= 124 ) & ( CHROM = 'chr1' ) " > spe_snpeff.vcf 提取一号染色体 ...