原文:三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 : 名词解释 D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比 D高但准确率低于 D序列。 D:bi directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链并互相矫正合并的测序数据。 OLC:Overlap Layout Consensus算法,先查找全部序列的重叠区域 overlap ,基于重叠区域可以获得全部序列的布局图 layo ...

2019-05-14 15:46 0 1286 推荐指数:

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使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

相较于其他三代代数据组装软件(Canu(也可用于纠错),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下优点: 安装运行简单 (可用run_wtdbg_assembly.sh脚本生成运行脚本),运行 ...

Fri Oct 18 17:56:00 CST 2019 0 937
组装之后的三代基因组进行polish

一:利用pilon软件进行二代数据三代数据polish 准备数据三代数据组装好的基因组文件:draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据:read1_fq.gz read2_fq.gz 比对(bwa) 构建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
三代基因组测序技术原理简介

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章, 最终,我自己开通了公众号:碱基矿工,欢迎感兴趣的同学关注! 也可以关注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:这篇文章写于2013年,首发 ...

Sat Aug 03 06:15:00 CST 2013 10 54687
组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

# 估算测序深度、reads数目、N50等值(自写perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下: # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
三代全长转录组测序组装

这些三代全长转录组测序的相关问题,可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二转录 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
一 二 三代测序技术

在日常的科研中我们时不时的会听到小伙伴们在讨论那些关于测序的东西,什么高通量测序,二测序,Sanger测序等等。今天我们就用最简单的言语来讲解一下这三种测序技术。 一测序技术,也被称为Sanger测序,其实是由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理 ...

Sun May 19 18:37:00 CST 2019 0 1069
 
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