。我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒~ Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到 ...
生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie bowtie bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下它的默认输出格式。 example: 说明: . query id,也就是你自己用于比对的序列的ID。 . 表示正向 ...
2019-05-10 13:12 0 580 推荐指数:
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一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
(以本地电脑wsl子系统的unbantu为例) 软件安装 anaconda安装与配置 下载Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/ 在下载目录下输入 点yes往下后,输入查看是否安装 ...
主要简述 bowtie2 的入门用法,完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 参考文档 最重要的参考文档还是官方文档: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文献: Fast ...
bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载 原文地址: bowtie:短序列比对的新工具(转 ...
序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图:ESPript, Jalview 蛋白质家族搜索:Tigr,pfam 引物设计的质量 ...
/wiki/metaphlan2 MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生物群落组成 ...
生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图 ...