原文:基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 选择上传gene list文件 选择上传ID的类型,我们ID list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL GENE ID 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ GENE ID 然后选择提交就ok了 bioDBnet 输入文件ID类型 输出ID类型,这里 ...

2019-05-09 07:48 0 2332 推荐指数:

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bioMart进行基因id转换

1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库,这个包可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
使用"biomaRt"包进行基因ID转换

1、安装"biomaRt"包 2、"ensembl_transcript_id_version" 转 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...

Tue Jul 27 19:15:00 CST 2021 0 184
基因名称转换问题

转自欧意生物。https://www.sohu.com/a/110476023_464200 LncRNA自从发现至今,相关研究如火如荼。欧易生物也给很多科研工作者提供lncRNA测序和芯片检测的服 ...

Thu Aug 01 06:32:00 CST 2019 0 535
基因ID或者基因名,如何拿到对应的KEGG通路图?

1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色。 3、结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路。 ...

Tue Jun 18 19:49:00 CST 2019 0 2759
liftover-基因坐标的转换

liftover的介绍 人类基因组有不同的版本,目前用的最多的是hg38和hg19,为了将不同版本的染色体上的位置一一对应,UCSC出了这款工具liftOver,官方的定义是: This tool converts genome coordinates and genome ...

Wed Dec 11 05:51:00 CST 2019 0 361
Ensemble ID转换

Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符,用于标识不同的分子特征,如基因,转录本,外显子,蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义,在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字,如基因名字那样可能发生改变 ...

Thu Jan 28 18:01:00 CST 2021 0 617
 
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