在全基因组关联分析中，处理芯片数据时，必须走的一个流程就是基因型数据填充 imputation 。 当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。 下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。 进入Michigan Imputation Server Michigan Imputation Server网站链接：https: imputationserver.sph.umich.edu index ...
2019-05-08 10:15 0 1003 推荐指数：
一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点（不一定是显著信号位点与该表型有关，可能是与群体SNP频率差异有关），因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析 ...
归纳总结：伴X遗传，雄性中Xb的基因频率等于基因型频率，在雌性中，Xb基因频率也等于雄性中Xb基因的频率。因为雌性有两条X染色体，其遗传符合遗传平衡定律，即：(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1，P代表代表XB ‚Q代表Xb，P²代表XBXB，2PQ代表XBXb，Q代表XbXb。 ...
首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： java -Xmx8g ...
如果想将基因型转化为0,1,2 可以使用命令：plink --bfile file --recodeA --out recodefile 如果想将基因型转化为0,1 可以使用命令：plink --bfile file --recodeD --out recodefile 如果想将基因型同时转化 ...
基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > ...
一、芯片数据 此次拿到的illumina芯片数据并不是原始的数据，已经经过GenomeStudio软件处理成了finalreport文件，格式如下： 之前没处理过芯片数据，对于这种编码模式（Forward，top AB）的基因型数据很疑惑，查了很多资料，收效甚微。看过建明大神对芯片这块 ...
在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一 ...
GWAS学习笔记——imputation的含义 (Truth of Imputation) Do not imput onther's sin to yourself scheme of imputation in statistics GWAS学习笔记 ...
