利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息
KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容，链接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息， 以human 为例； 1） 第一步，获取每条pathway具体的描述 ...
原文：R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
clusterProfiler没有显性的接口，但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。 核心函数就是get GO data GO DATA lt get GO data org.Hs.eg.db , BP , SYMBOL 可以看到输入的是GO数据库，选定类别，基因名字类型，输出的就是整个数据库。 但是想调用这个函数没那么简单，得导入一系列的基础函数。 一个常见的任务就是获取GO数 ...
2019-05-18 18:45 0 1896 推荐指数：
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KEGG PATHWAY
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基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process ...
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KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： 1. ID转换：将gene symbol转换 ...
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