原文:表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

需要长期更新 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 年,Benerji发现SV 中某个 bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。 特性:远距离效应,无方向性。 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H K ...

2019-05-23 00:11 0 1817 推荐指数:

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表观遗传、开放染色质测序、ATAC-seqChIP-seq简介

表观遗传   表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序:   参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究细胞的转录调控。   细胞的大部分时间处于 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
ChIP-seq流程结果文件解读

接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...

Fri Jun 18 04:21:00 CST 2021 0 305
homer进行motif分析 ChIP-seq

http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时 ...

Thu Dec 27 05:00:00 CST 2018 0 2710
ChIP-seq技术介绍|易基因

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
 
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