plink: 计算多个SNP集的连锁不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）
PLINK提供了 ld 的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink file file ld rs rs out rs rs 生成如下数据： ld rs rs : R sq . D Haplotype Frequency Expectation under LE TG . CG . . TA . . CA . . In phase alleles are TA CG ...
2019-04-29 16:11 0 1779 推荐指数：
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