最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
networkx是Python的一个包,用于构建和操作复杂的图结构,提供分析图的算法。图是由顶点 边和可选的属性构成的数据结构,顶点表示数据,边是由两个顶点唯一确定的,表示两个顶点之间的关系。顶点和边也可以拥有更多的属性,以存储更多的信息。 对于networkx创建的无向图,允许一条边的两个顶点是相同的,即允许出现自循环,但是不允许两个顶点之间存在多条边,即出现平行边。边和顶点都可以有自定义的属性 ...
2019-04-15 10:37 0 9103 推荐指数:
最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
NetworkX是一个用Python语言开发的图论与复杂网络建模工具,内置了常用的图与复杂网络分析 ...
NetworkX是一个用Python语言开发的图论与复杂网络建模工具,内置了常用的图与复杂网络分析算法,可以方便的进行复杂网络数据分析、仿真建模等工作。我已经用了它一段时间了,感觉还不错(除了速度有点慢),下面介绍我的一些使用经验,与大家分享。 一、NetworkX及Python开发环境 ...
学习目标 Graph:了解无向网络的属性以及它们如何使用NetworkX Graph类表 ...
networkx是python的一个第三方包,可以方便地调用各种图算法的计算。 通过调用python画图包matplotlib能实现图的可视化。 1.安装 正好整理一下python第三方包的安装方法。 setuptools 使用 ...
一.networkx 1.用于图论和复杂网络 2.官网:http://networkx.github.io/ 3.networkx常常结合numpy等数据处理相关的库一起使用,通过matplot来可视化图 二.绘制图 1.创建图 创建图 ...
networkX tutorial 绘制基本网络图 用matplotlib绘制网络图 基本流程: 1. 导入networkx,matplotlib包 2. 建立网络 3. 绘制网络 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本画图程序 ...
最近用Java写了个pagerank,发现最终算出来的PageRank值的和不是1,但是这个和应该是1的,所以就用python的networkx包中的PageRank算法做了一个测试: 打印结果是:1.0000000000000004,说明所有节点PageRank值的和确实 ...