原文:Patchwork(2013年)--CNV检测方法流程

文章题目:Patchwork: allele specific copy number analysis of whole genome sequenced tumor tissue 特点: 可以检测配对样本,也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAcopy包的CBS分割,control freec的GC校正方法。bin size bp。 http: ...

2019-03-15 09:44 0 518 推荐指数:

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【变异检测CNV分析和应用

前言 拷贝数变异(copy number variation ,CNV)是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少,可分为缺失(deletion)和重复(duplication)两种类型。CNV是一种基因组结构变异,可通过改变基因剂量和转录结构 ...

Tue Apr 19 19:10:00 CST 2022 0 3263
CNV

CNV: 人类主要是二倍体。如果有些区域出现3个、4个拷贝,那就是扩增了,如果只出现1个拷贝,就是缺失。所以CNV分析是依靠特定位置的测序深度来估算的,先在染色体上划窗,然后看每个窗口的平均测序深度,如果连续多个窗口的测序深度在样品/对照中都有差异,那么就判断为CNV,标准是拷贝数相除,然后取 ...

Fri Jul 15 00:30:00 CST 2016 0 1574
【变异检测CNV PAV INV TRANS变异检测

前言 SV(大片段结构变异)指在基因组水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等变异。   SV检测分重测序部分和基因组部分,重测序又分二代测序数据和三代测序数据之分。每种分析方法用到 ...

Tue Apr 19 01:22:00 CST 2022 0 5162
我的2013

不知不觉已经工作4了,博客也荒废了多年,今年对于我来说是个不可思议的一,项目也已经成功上线收尾了,是时候给自己总结一下这一的得失,也希望这篇博文能给大家带来一些新的想法与方向。 生活上  从国内来到了国外,想念家人、朋友、食物,但并不想念雾霾、地沟油、三聚氰胺、瘦肉精、挤公交...  国外 ...

Thu Dec 19 22:41:00 CST 2013 16 2389
DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 ...

Thu Jan 25 02:20:00 CST 2018 0 3627
DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平 ...

Tue Oct 16 17:59:00 CST 2018 0 7389
2013个人计划

关键词:学习、健康、修养 技术1、恶补基础 发现自己的基础太差,有时真的不足以支撑上层的学习需求,下决心把以下内容重新系统学习一遍并形成笔记,没事就翻翻,让自己变得更有底气。 计算机组成原理 ...

Wed Mar 06 19:41:00 CST 2013 8 2050
 
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