GWAS群体分层校正，该选用多少个PCA
前言 关于选用多少个PCA做群体分层校正，各大期刊并没有一个统一的说法。 故做了如下综述。 1 随心所欲型，想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少，这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相！ 比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层。 Largest GWAS of PTSD ...
原文：GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA
一 为什么要做祖先成分的PCA GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点 不一定是显著信号位点与该表型有关，可能是与群体SNP频率差异有关 ，因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析，随后将PCA结果作为协变量加入关联分析中。 二 怎么做PCA 首先prune一下 plink bfile f ...
2019-03-06 17:07 0 2575 推荐指数：
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