该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 使用 序列操作(seq) Fasta/q之间以及与tab格式互换 序列信息统计 ...
一 序列操作: .取反向序列 seqkit seq test.fa r gt test re.fa .取互补序列 seq test.fa p gt test com.fa .取反向互补序列 seqkit seq test.fa r p gt test re com.fa .DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa nda rna gt test rna.fa .RNA序列转 ...
2019-02-23 10:25 0 2994 推荐指数:
该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 使用 序列操作(seq) Fasta/q之间以及与tab格式互换 序列信息统计 ...
该软件功能强大,兼容所有系统。 网站:http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下载,解压,安装seqkit软件,下载二进制文件较好。 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...
有时候需要个性化处理原始序列,自己写python脚本太慢,且速度太慢,可以用seqkit这个工具,开发得不错。 2021年12月02日 另一个需求:需要从Cell Ranger处理后的bam文件里提取出未比对的reads,然后再去比对到YFP序列上,确定每个细胞是否被YFP标记 ...
1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig ...
同样的名为read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...
Some time when you want to change the fasta seq into one line For awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^> ...
注:该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版,输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行 ...