注:该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版,输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length , , , Total ungapped length , , , Number of contigs , , Contig N , Contig L , Total number of chromosomes and plasmids Number of component sequences WGS or ...
2019-02-22 21:30 0 678 推荐指数:
注:该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版,输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
同样的名为read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...
一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...
该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 使用 序列操作(seq) Fasta/q之间以及与tab格式互换 序列信息统计 ...
该软件功能强大,兼容所有系统。 网站:http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下载,解压,安装seqkit软件,下载二进制文件较好。 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行 ...
今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database ...
第一次写博客,分享一个做的提取基因序列的程序,根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址:https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息,BED文件必须的3列 ...