R批量做GSEA分析还没有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它调用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA seq fgsea教程 RNA seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA seq的分析需求应该是很大的 大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧 。 普通的转录组套路并不多，差异表达基因 富集分析 WGCNA netw ...
2019-02-13 12:10 0 5643 推荐指数：
全基因组关联分析除了找到显著的关联位点，我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析，下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X ...
1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。 不做搬运工，只写有用的，防止以后忘记。每个人理解不同，记录下来，供自己今后参考，顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
大家应该对通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法，给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA（gene set variation analysis）与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片核转录组 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
Gene Ontology（GO）是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类，并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析，得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。在芯片的数据分析中 ...
): MAGMA: Generalized gene-set analysis of GWAS data. ...
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 （下面摘录一部分）。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前，我们先看一篇Cell文章 ...
