原文:Trimmomatic过滤Illumina低质量序列

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2019-01-26 23:10 0 1303 推荐指数:

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illumina和sanger测序质量值体系的差异

FASTQ格式的每第四行表示这条序列质量值。用ACSII码表示。 测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的,例如红黄蓝绿分别对应ATCG,因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。 Phred Quality Score Probability of incorrect ...

Thu Jul 02 23:51:00 CST 2020 0 514
如何在Mac上减小PDF大小而不会降低质量呢?

如何在Mac上减小PDF大小而不会降低质量呢?别急,今天小编给大家推荐Cisdem PDF Compressor Mac版PDF压缩工具减小PDF大小的教程,操作简单,快来跟小编看看具体做法吧! 1.下载Cisdem PDF Compressor,打开它 2.将 PDF 文件拖放 ...

Sun Aug 15 22:23:00 CST 2021 0 96
Illumina Sequence Identifiers 序列标识符 index详解

大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的。 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们。 本文主题:Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 ILLUMINA ...

Fri Feb 17 03:38:00 CST 2017 0 2065
fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理,即得到clean_data。然而,这些clean_data是否真的“clean”呢?首 ...

Fri Dec 09 04:22:00 CST 2016 0 3025
xgene:之illumina,,ion-torrent

illumina技术:   工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补      Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath ...

Fri Sep 01 20:05:00 CST 2017 0 1654
生信软件工具-Trimmomatic

Trimmomatic 注意:软件工具一般会定期进行迭代更新,如果使用出现问题,请查看官方文档。 可以用来切除illumina测序平台的接头序列,还可以去除由我们自己指定的特定接头序列,而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列。具体的原理就是通过滑动一定长度的窗口,计算 ...

Mon Jul 13 17:18:00 CST 2020 0 935
fastjson序列过滤属性

/* * 第一种:在对象响应字段前加注解 * @JSONField(serialize=false) * private String name; */    /* * 第二种:在对象对应字段前面加transient,表示该字段不用序列 ...

Mon Apr 09 22:51:00 CST 2018 0 2785
 
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