利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
原文：plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）
一 合并文件 plink合并文件需要用到 merge 参数 如果是ped和map格式文件，则用以下命令： plink file data merge data .ped data .map recode out merge 如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令： plink bfile data merge data .ped data .map make bed out mer ...
2019-01-16 11:49 3 1934 推荐指数：
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