NCBI的gene id, ENTREZID 与Ensembl Gene ID的转换
NCBI的gene id, ENTREZID 与Ensembl Gene ID 互相转换网站：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php 还有另外一个单向 ensemble 转NCBI的：https ...
原文：NCBI之gene系列
基因系列中的data索引 基因ID之间的转换 对于生信，依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，况且开发者水平也参差不齐，理解原理才能让你来去自如。 今天主要记录几个ID转换的方式： 以果蝇为例 详细的了解阅读下面：ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov gene DATA README 从NCBI下载基因ID信息：ftp: ftp.n ...
2019-01-13 19:20 0 597 推荐指数：
相关推荐
gene ID，gene symbole，EnsembleID
gene symbol： TP53 gene ID：7157。Entrez Gene ID，它是目前国际上最权威的Gene ID编号！ GENECODE：GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。 HGNC（人类基因命名委员会）只对人类基因进行命名 ...
Gene Ontology (GO) 简介
为了查找某个研究领域的相关信息，生物学家往往要花费大量的时间，更糟糕的是，不同的生物学数据库可能会使用不同的术语，好比是一些方言一样，这让信息查找更加麻烦，尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...
NCBI下载SRA数据
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
Gene Ontology (GO) 注释
Gene Ontology (GO) 注释 Posted on 2017-06-11 | In 生信 相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极大限制学术 ...
如何研究某个gene的ceRNA 网络
研究人员针对 PTEN 这个关键的抑癌基因，来探究调控该基因表达的ceRNA 网络； 分析策略： 1）预测能调控该基因的miRNAs 通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式，挑选 ...
基因的结构 gene structure
很多网站对基因结构的描述不清晰或不准确，此处给出较为权威的基因结构： ...
如何往ncbi上上传数据
往NCBI上上传数据： 1.注册并登陆NCBI，点击主页的submit选项 2.创建bioproject，以及biosample号 （Bioproject: Bioproject是一个项目的编号，在文章发表的时候，读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了，因此，在投稿之前 ...