原文:利用GSEA对基因表达数据做富集分析

image Gene Set Enrichment Analysis GSEA is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biologic ...

2019-01-12 09:26 0 1166 推荐指数:

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GSEA-基因富集分析

1.为什么写? 网上教程一抓一大把,有的能重复,有的不能重复不了,很多原因。别人能做的不代表你能复制,实践出真知。 不做搬运工,只写有用的,防止以后忘记。每个人理解不同,记录下来,供自己今后参考,顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因或蛋白富集分析gsea与ssgsea

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation analysis)与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片核转录组 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
基因探针富集分析GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
GSEA富集分析 - 界面操作》

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (下面摘录一部分)。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一、原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵   ↓ 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
[GSEAPY] 在Python里进行基因富集分析

前言 在生物信息学数据分析中,许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
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