原文:利用biopython批量下载基因序列

构建自己需要的blast库,需要下载所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。 .首先,利用 org.Hs.eg.db 将自己的基因symbol转成accession中的id 结果如下: .利用biopython下载序列。 结果: 完成 ...

2018-12-27 14:26 0 785 推荐指数:

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Biopython 模块处理Seq序列 方法

Biopython 模块1.序列 赋值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白质、DNA和RNA的基本定义,并提供扩展和定制基本定义的功能。1.1 DNA 字母表 基本字母:IUPACUnambiguousDNA每种可能下的歧义字母:IUPACAmbiguousDNA修饰后的碱基 ...

Mon Feb 12 07:52:00 CST 2018 0 3241
Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

Biopython1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性:seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述letter_annotation ...

Mon Feb 12 18:56:00 CST 2018 0 927
Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

Biopython 1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。 SeqRecord提供序列及其注释的容器属性: seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述 ...

Mon Dec 28 17:51:00 CST 2020 0 419
如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

目录 找序列序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列。 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza。因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意 ...

Fri Aug 06 08:02:00 CST 2021 0 147
Python爬虫——利用Scrapy批量下载图片

Python爬虫——利用Scrapy批量下载图片 Scrapy下载图片项目介绍 使用Scrapy下载图片 项目创建 项目预览 创建爬虫文件 项目组件介绍 ...

Wed Apr 14 20:17:00 CST 2021 0 228
利用yum下载rpm包并批量安装

一、下载rpm包 方法一:downloadonly 1.yum自动下载RPM包及其所有依赖的包至/root/rpm目录:      yum install yum-plugin-downloadonly   yum install --downloadonly ...

Sat Jun 15 22:40:00 CST 2019 0 2599
利用Python批量下载邮件附件

转自:https://www.cnblogs.com/chouxianyu/p/11270101.html python批量下载邮件附件 背景 由于同学每周要通过邮箱收数学建模作业,100多人给她发附件,她要一个个地点着下载。 太麻烦了,所以想用程序 ...

Wed Dec 01 00:33:00 CST 2021 0 1010
利用firefox批量下载NASA数据(以OMI数据为例)

  因为在写本科毕业论文的时候需要在NASA下载数据,不知道批量下载的方法,就用了很笨的一个方式,一个一个的点着下载了三年的数据。后来尝试了很多种下载方法,但效果都不理想。在机缘巧合之下得知可以利用Firefox批量下载,瞬间觉得像发现新大陆一样。下面是详细步骤(下载数据起来简单粗暴 ...

Sun Apr 22 06:16:00 CST 2018 2 796
 
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